顺治十八年（1661 年）国姓爷郑成功准备大发舟师驱逐占据台湾的荷兰人。誓师之日，兵部侍郎张煌言上《上延平王书》，指责郑成功远赴海岛的本质是抛弃复明大业、组建郑氏小朝廷。张煌言直言不讳地说：“王爷您这是在效仿替秦始皇出海寻仙问药的方术之士徐福、卢敖之流的做法，即使能够偷安一时，也必定会留下千古骂名。”
表面上看，张煌言的言辞未免尖酸刻薄。因为跟随郑成功一同赴台的还有明宁靖王朱术桂、鲁王世子朱桓等等南明宗室，郑成功一军还打着大明王朝的旗号，岂是徐福、卢敖之类可以与之相提并论？但张煌言还是做出了预言：“就算王爷您拥有了台湾，也是事业上的倒退，所以，您还是以兴复明朝大业为重，另他其他打算！”
这预言后来得到了印证。诚然，兴师驱荷，是中国近三百多年来在台湾问题上的一个重大事件。而郑成功凭借着收复台湾的壮举，一跃而成为同期英雄人物之首，对台湾这块自古以来中国的领土的发展前途做出了深远的影响。但郑氏得到了台湾，便陷入了固步自封的境地。他们将台湾当成了郑氏的家产，着力于打造“郑氏小朝廷”。
这样，随着清朝政权的巩固，台湾就不可避免地被收归大一统版图之内。康熙二十年（1684年）正月二十八日，台湾郑氏政权的第二代领导人郑经病死，其长子监国郑克臧嗣位。然而，仅仅两天之后，侍卫冯锡范就绞杀了郑克臧，拥立了自己的女婿、亦即是郑经次子、年仅十二岁的郑克塽。此事，史称“东宁之变”。
台湾从此进入了冯锡范的轨道。冯锡范展开了一场灭绝人性的大清洗，台湾岛上一片血雨腥风，许许多多曾是郑克臧近臣的官员被杀，内耗损失惨重。台湾郑氏集团政变的消息被清福建总督姚启圣侦知。姚启圣于该看五月十九日上书康熙帝：“逆贼郑经已经归天，其长子郑克臧被绞死，伪侍卫冯锡范立自己的女婿郑克塽来主持台湾危局，这是上天要灭亡这伙海贼的征兆。”
由此，清康熙帝做出了“进取台湾”的决策。清政府此前一直无法对台湾下手，最大的障碍就是海军问题。从康熙十六年（1677年）开始，清政府采取了“更名田”的政策，全力发展农业，增加国家收入。随着经济实力的提高，清政府恢复了福建水师的编制，在江苏连云港，山东登州，广东惠州等各地广设船厂，仿照明郑水师，制造大型战舰。
现在，清王朝开始进行部署，命令全国各地的大型战船，尽数集结在福建沿海，用于给养输送，任施琅为福建水师提督。施琅，字琢公，福建晋江人。此人是十足的“三姓家奴”，一生频频换主，不断改变自己的政治立场。他最初是郑芝龙手下的偏陴之将，因为郁郁不得志，主动脱离了郑芝龙军编制，跟随忠义名臣黄道周北伐。北伐途中，又感到前景渺茫，做了逃兵。清军李成栋进福州，施琅投到李成栋麾下，从征广东。李成栋后来宣布“反清复明”，施琅也重新回到了南明的怀抱，成了郑成功的部下。后来，因为违抗郑成功将令，施琅又再度降满清。郑成功一怒之下，将施琅的父兄）处斩。施琅从此与郑氏集团结下了死仇。
施琅原为郑芝龙和郑成功的部将，对郑氏政权可谓知根知底，又与郑氏家族有杀父兄之恨，康熙任之为水师提督，可谓知人善任。不过，在进军方略上，施琅和姚启圣出现了分歧严重。施琅在《密陈专征疏》中向康熙帝报告说：“只要到夏至时分，南风成信，就可以大举进兵，从铜山出发。其时，顺风坐浪，船只得以齐头并进，士兵毫无晕眩之患，称得上是天时、地利、人和三者齐备。”
而姚启圣则在《为遵旨沥陈平海机宜事本》中明确提出乘北风进征的意见，称“不如等到了十月初冬时分再趁着北风分道进兵”，认为乘北风进兵，“必取澎湖”。也就是说，施琅主张乘南风进军，但姚启圣的主张却是东北风。这里面涉及到了一个地理学问题：如果乘东北风进军，就需要在十月出兵，如果乘南风，则需要在夏季出兵。
姚启圣认为，南风风力微弱，船只行进缓慢，根本不利于海上作战。战争情况瞬息万变，在战场上，主帅必须拥有绝对的指挥权、决策权。另外，统率不明，难树威信，手下将领也不知道该听从谁的指挥。所以， 施琅向康熙帝提出了一个大胆的请求：要求康熙帝给予他“专征”的大权，不受任何人节制。康熙实在是个雄主，坚持疑人不用、用人不疑，同意施琅的要求，将军事指挥权完全交给施琅。——全听你的，但你必须要给朕从速收复台湾。
施琅为什么要选择在南风季出击呢？究其原因，东北风猛，南风柔和，如果乘东北风，则船速迅猛，冲击剧烈。而平定台湾，表面上看，是要打海战，但实际上，却是要打攻坚战。舰队攻坚，遇上迅猛的东北风，阵型就容易被吹散，到时候就成了人家的活靶子了。而南风平稳，即使攻坚受挫，也能够从容布置，稳健攻击。
平台的路线，施琅早有定画：取澎湖，从澎湖登陆。康熙二十二年（1683年）四月，施琅精选了两万水陆官兵，单等“夏至南风成信”，即“进发捣巢。”镇守台湾海防要塞澎湖的，是冯锡范加封为“武平侯”的刘国轩。刘国轩，字观光，汀州长汀人，有智略，参与了却郑成功围攻南京、收复台湾等战役，屡立战功。
在澎湖，刘国轩抽佣调丁，扩充军力，并将洋船改为战船，所有文武官员的私船，也尽行修整，调集来澎湖大小炮船、鸟船、赶缯船、洋船、双帆艍船，全计二百多艘，且澎湖守军增加到了两万人。此外，刘国轩还大建炮城，其中，娘妈宫屿头上下添筑了两座，风柜尾一座，四角山一座，鸡笼山一座。修筑的炮台更是星罗棋布，凡是沿岸小船可以登陆的地方，都建筑上高墙拦阻，墙内开眼，眼中安置火铳，延绵二十余里长。
刘国轩的防御思路是：远距离者以炮台轰击，近距离者以腰铳射击，双重火力阻击入侵者。澎湖炮台林立，兵船齐整，防守严密。刘国轩自信可以把一切来犯之敌歼灭在海岸线之外。听说施琅磨刀霍霍，要大举入台，郑军上下议论纷纷，都在猜测施琅的行动日期。
对此，刘国轩微微一笑，胸有成竹地说：“六月时分，海上风波不定，变幻莫测，施琅是个熟悉海务的人，怎么会选择在这个时间内出兵？你们不要妄加猜测了，他不过是在虚张声势罢了。”刘国轩的盲目乐观让郑军在接下来的澎湖海战中提前进入了被动局面。
康熙二十二年（1683年）六月，施琅等来南风，率领两万清军，乘六百三十艘战船，悍然出征。施琅所部海军的将官，大多数都是郑家老一代家将的后裔，比如在之后战斗中建功颇多的陈蟒，董义等人，其父辈多是郑家海军的干将。从装备上说，这支海军更可以算是中国历史上空前强大的舰队，其战舰同样仿制欧洲战船，火力强大。其中由施琅亲自坐镇的大型炮船舰队，拥有炮船五十六艘，每艘战船的载炮都在五十门以上。
施琅志在必得。其实，降清以来，施琅的日子并不好过，一直活在清廷的忌疑和白眼之中。为了能挺起腰杆做来，施琅把这一场东征当成了翻身的赌注。他命令：各大小战船风篷上大书将弁姓名，以便观看，备知进退先后，分别赏罚。六月十五日辰时，清军舰队出现在澎湖南大门八丈岛附近。郑军巡逻船大惊，飞报刘国轩。清军的突然出现，大出刘国轩意料，闻报，不免有些手忙脚乱。宣毅左镇邱辉却颇有大将之风，闻变不惊，说：“敌船初到，还没找到寄泊的港口，军心尚未安定，我愿领熕船十只，同左虎镇江胜将军前去冲杀！”建威中镇黄良骥也举手支持邱辉，说：“宣毅左镇邱辉的想法，与兵书上所说的‘先发制人，半渡而击’完全相合。”
可是，刘国轩觉得，选择在这时出击，虽有斩获机会，却也风险奇高。首先，从巡逻兵汇报的情况来看，敌人是出现在澎湖南大门八丈岛附近，但，其他未侦探到的地方是否也已来了敌人？一句话，敌人的虚实不明，出击，搞不好，在出击的途中就被人家包了饺子。其次，敌人来犯，必然是倾尽国舟师而来，务求毕其功于一役。台湾面临的将是前所未有的大决战。如若着首战稍有有跌蹉，势必影响大局。再者，为了歼敌于国门之外，郑军已经花大钱打造下了一套固若金汤的防守体系，主动出击，就是主动放弃自己的阵地优势，而冒险与敌竞逐于大海之间了。
思忖再三，刘国轩缓缓答道：“我们的防御体系密不透风，炮台处处戒备森严，敌船根本不可能向我们靠近，又找不到港湾停泊？现在是六月台风季，一旦台风来了，他们连丧身之地都没有，怕他们何来？只要我按兵不动，就可以以逸待劳，不战而可收功了。各位将军，不要再说了。”邱辉大呼可惜。
傍晚，邱辉不甘心白白丧失袭击清军的机会，又再次请命：“今晚大海退潮之际，敌船必定飘浮不停，只要我军发动快舰攻击，就可以将他们打得找不着北，无法窥探我军形势！”刘国轩“以逸待劳”的心意已决，不容更改，长笑道：“邱将军真是世间勇将，竭力报国！但我已有成算，还是不要轻举妄动。再者说了，那施琅不过徒有虚名之徒！现在是六月台风季，天天都可能出现台风，谅他也不敢统舟师和我开战！”
刘国轩错误地判断了形势，使施琅轻松泊船于八罩水垵澳。六月十六日，施琅挥师进攻澎湖，明清双方最后的一场海战就此拉开序幕。中午时分，施琅率先发动攻击。刘国轩坐快哨在海上驰骋如飞，迅速抵达娘妈宫前澳内，督诸镇迎敌。林升、江胜、邱辉、曾瑞、王顺、陈起明、杨文炳等，将熕船、战船、赶缯船排列攻打。战斗异常激烈，持续了六个小时。刘国轩修筑的防御体统充分发挥了作用。郑军依托海岛炮台对清军猛轰，再以舰队侧翼合围，清军伤亡惨重，险被围歼。
危急时刻施琅亲督战船反扑敌阵，与兴化镇吴英前后夹击，总算强行将包围圈撕裂开了一口子。但南风并不帮施琅的忙。当他率舟师努力突围之际，座船被急流挽下，又兼遇上顶南风。郑军林升率前锋镇姚朝玉、智武镇陈侃、戎旗五镇陈时雨与林顺、施廷、洪邦柱等船一齐向施琅座船开火。施琅身边的伴当冯苓见情形危急，急呼道：“大老爷！”施琅骇然回顾，冯苓已被火炮穿膛而过，翻身倒地。施琅瞠目结舌，面如白纸，忽然又有流炮擦过，余焰燎到施琅脸颊的须发，施琅怪叫一声，翻身跌倒在船舷上。
八罩岛上缺少淡水，而且澎湖六月多台风。澎湖当地人有谚语：“六月初六，崔将军飓。十二，彭祖飓，彭祖暴。十八，彭祖婆飓。十九，观音飓。廿三，小夷飓。廿四，洗蒸笼飓，或洗炊笼飓；雷公飓，雷公暴。廿六，二郎神飓。廿八，大夷飓。廿九，文丞相飓。”清军在台风与缺水的双重夹击下不亡才怪。可是，怪事偏偏就来了。上天似乎站在清军的一边。《闽海纪要》记：“台湾旱荒已近三年；这年五月二十八日，突降大雨，且连日不停，到六月初六日方晴，山溪的水溢满了山谷。”“八罩地区井泉稀少，平时打起的淡水不足以供应十人；因为大雨，泉水遍涌，施琅大军两万余人用之不竭。”
而刘国轩所盼望的台风却一直迟迟不来。二十二日，施琅听从了部将吴英的建议，准备以先以三叠浪阵开进，应战时再变为五梅花阵。经过精心筹备，施琅将清军分为四路，自己亲率领五十六艘巨型炮船，攻打刘国轩的主阵地娘宫庙。总兵陈莽率领五十艘战舰，从侧翼攻打基隆屿，牵制刘国轩的防御。董毅率领的西路军登陆牛心湾，夹击西路明郑军队，其余战舰跟在施琅身后，作为后援。看到清军的部署，刘国轩不甘心就此陷于被分割的挨打局面，率领水师主动出击。
为了确保胜利，刘国轩派出了郑经时代扬威东亚海洋的王牌战舰——鸟船。这种载炮上百，拥有三千斤巨炮的巨无霸，火力远远强于清军主力战舰。刘国轩觉得，只要能像上次那样对施琅进行包围，以明郑水师优势的配备，完全可以将清军聚歼。然而甫一交手，刘国轩就发现自己错了，施琅的炮船虽然远小于鸟船，却以五艘为一对，结出梅花阵，将自己的鸟船编队团团包围住了。四面全是呼啸的炮弹，笨重的巨型鸟船，一下子笼罩在团团包围的火力中了。没过多久，一艘艘鸟船在击沉。
澎湖水师，完了。明郑水师的官兵们眼睁睁地看着自己的舰船被包围，分割，然后在密集的火网中一艘艘沉没。澎湖守将邱辉，曾瑞，王德，吴福，王受的战舰相继被击沉。逆境之下，刘国轩发动了最后一击，以喷筒火箭向清军反扑，焚毁清军战舰多艘。杀红了眼的施琅押上了所有的预备队，外围待命的八十艘战舰全数投入战斗，他亲自带领旗舰向刘国轩冲锋。一时间，炮火矢石交攻，有如雨点，烟焰蔽天，咫尺莫辨。
力不能支的刘国轩终于崩溃了：他的旗舰被击沉，他本人乘小船从吼门，而逃他的舰队全线溃败，战船或毁或沉……堪称中国古代史最大规模海岛攻防战的澎湖海战，至清晨终于见出了分晓：清军击沉俘虏明郑海军大小战船二百艘，歼敌一万两千人。刘国轩仅带二十六艘战船败退台湾岛。这是一场让明郑海军输光了所有家底的战役：那支曾经啸傲东亚的明郑海军，主力已在此战中损失殆尽。郑氏家族在台湾岛二十一年的统治，至此也大势已去。诚如张煌言在《上延平王书》所说：“干大事者，与大众一心没有不兴旺的，与大众二心没有不败亡的。”痛哉！惜哉！
